เรื่องราวของนารูโตะเริ่มต้นเมื่อสิบหกปีที่แล้วจิ้งจอกปีศาจเก้าหางโจมตีหมู่บ้านนินจาแห่งโคโนฮะงาคุเระ พลังของมันมีความสามารถในการทำให้ภูเขาราบเรียบและทำให้เกิดสึนามิได้ มันคือความพินาศ ความโกลาหล และความตายรวมกันเป็นหนึ่งเดียว
โคโนฮะ ซึ่งแข็งแกร่งที่สุดในห้าชาติชิโนบิกำลังใกล้จะถูกทำลาย เพื่อช่วยหมู่บ้านจากการถูกทำลายล้างทั้งหมด หัวหน้าหมู่บ้านที่รู้จักกันในชื่อว่า Forth Hokage ได้สละชีวิตของเขาเพื่อผนึกจิ้งจอกปีศาจให้เป็นทารกนารูโตะ
ก่อนสิ้นพระชนม์ โฮคาเงะรุ่นที่สี่ได้ขอให้นารุโตะได้รับการปฏิบัติเหมือนเป็นวีรบุรุษ แต่คนในโคโนฮะต่างก็สงสัย แทนที่จะให้ความปรารถนาที่จะตายแก่โฮคาเงะรุ่นที่สี่ ผู้คนเริ่มหลีกเลี่ยงนารูโตะและปฏิบัติต่อเขาราวกับว่าเธอเป็นจิ้งจอกปีศาจเอง นารูโตะเติบโตขึ้นมาโดยไม่มีเพื่อนในครอบครัว เขาแสดงออกด้วยการแกล้งคนอื่นเพื่อเรียกร้องความสนใจ งานโรงเรียนของเขาต้องทนทุกข์ทรมานและด้วยเหตุนี้เขาจึงสอบตกสามครั้งในการสอบนินจา
Mizuki อาจารย์ที่โรงเรียนสอนนินจาบอก มังงะ Naruto ว่ามีวิธีอื่นที่จะผ่านการทดสอบ นั่นคือการขโมยม้วนคัมภีร์จากโฮคาเงะรุ่นที่สาม ทั้งหมดที่นารูโตะต้องทำคือฝึกฝนเทคนิคจากม้วนหนังสือให้เชี่ยวชาญและเขาจะผ่านการทดสอบ มิซึกิกำลังหลอกเขาอยู่โดยที่นารูโตะไม่รู้จัก เขาต้องการเพียงม้วนคัมภีร์สำหรับตัวเขาเองเนื่องจากคัมภีร์นี้มีเทคนิคที่ซ่อนเร้นและต้องห้ามที่สำคัญสำหรับโคโนฮะ
แต่อิรุกะรู้แผนการของมิซึกิและขัดขวางนารูโตะกับมิซึกิ ระหว่างการเผชิญหน้า นารูโตะพบว่าเขาเป็นภาชนะของจิ้งจอกปีศาจเก้าหาง และในที่สุดก็รู้ว่าทำไมชาวบ้านถึงเกลียดเขา มิซึกิเร่งเร้านารูโตะให้ปล่อยพลังของจิ้งจอกปีศาจและฆ่าอิรุกะ แต่อิรุกะก็เข้ามาแทรกแซงและบอกนารูโตะว่าเขาไม่ใช่สัตว์ประหลาด Mizuki โกรธแค้น Iruka แต่ก่อนที่เขาจะโจมตี Naruto ได้ปลดปล่อยเทคนิคที่เขาเรียนรู้จากม้วนหนังสือต้องห้าม เขาสร้างร่างโคลนหลายร้อยตัวและโจมตีมิซึกิ มิซึกิตกใจที่นักเล่นพิเรนทร์และความล้มเหลวดังกล่าวสามารถเชี่ยวชาญเทคนิคระดับสูงได้ในเวลาอันสั้น มิซึกิจึงตกตะลึงและในที่สุดก็พ่ายแพ้ต่อนารูโตะ